马盼盼 , 赵曾强 , 叶春秀 , 孙国清 , 谢宗铭

新疆农垦科学院生物技术研究所, 作物种质创新与基因资源利用兵团重点实验室, 石河子, 832000
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16 卷, 第 15 篇   
收稿日期: 2017年05月11日    接受日期: 2017年05月27日    发表日期: 2017年07月05日

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Alfin-like PHD finger是植物中特有的一类转录调控因子，在调控植物生长发育、胁迫响应及抗病反应等过程中起重要作用。为全面了解Alfin-like PHD finger基因家族在雷蒙德氏棉和亚洲棉基因组中的数目、分布情况及家族各成员间的关系，进而研究和揭示Alfin-like PHD finger在棉花抵抗逆境胁迫中的作用。运用生物信息学的方法在雷蒙德氏棉(D5)和亚洲棉(A2)全基因组中分别鉴定出12和10个Alfin-like PHD finger基因家族成员，并对家族成员的基因结构、染色体定位、保守结构域及进化关系等方面进行分析。结果表明，雷蒙德氏棉和亚洲棉中Alfin-like PHD finger转录因子具有高度保守的DUF3594结构域和PHD结构域，两个二倍体棉花中该家族基因成员之间为一对一关系；雷蒙德氏棉中的12个成员基因分布在5条染色体上，亚洲棉中的10个成员基因也分布在5条染色体上；亚细胞定位预测发现，该家族的基因分别定位于细胞核、叶绿体基质、过氧化物酶体和细胞质基质；根据结构域差异和系统发育分析结果，将Alfin-like PHD finger转录因子家族分为3个进化分支。上述结果为分离鉴定棉花中新的逆境胁迫响应基因提供参考。

Alfin-like PHD finger；雷蒙德氏棉；亚洲棉；生物信息学